<?

//________TR-All-nt.fasta
$filename = "sequences.fasta";
$id_db=2;
//______conectar no banco
$conexao = mysql_connect("localhost","panic","p4n1c");
$con = mysql_select_db("panic", $conexao) or die(mysql_error());

//______ler arquivo
$conteudo = file($filename);

echo "<pre>";
#print_r($conteudo);
//====== loop do arquivo
$size = count($conteudo);
$linha = '';
$cnt = 0;
for($i = 0; $i <= $size; $i++){
	
	//_______concatena linha
	$newlinha = str_replace("\n","",$conteudo[$i]); 
	if( ($newlinha[0]=='>') || ($i == $size)){
		#echo $linha."\n";
		//Garante q na 1 linha nao haja insercao
		if( strlen($linha) > 2){
			//_______ tira info da linha
			$infos = getInfo($linha);	

			//_______ joga pro banco
			$query = "INSERT INTO en_seq values (null,'$infos[md5]',$id_db,'$infos[seq]' )";
			mysql_query($query,$conexao);
			echo $query."\n";

			$query = "INSERT INTO seq_info values ((SELECT id_seq FROM en_seq WHERE md5='$infos[md5]'),'$infos[name]')";
			mysql_query($query,$conexao);
			echo $query."\n";

			echo $cnt++." - ".$infos['name']."\n";
		}
		$linha = $newlinha."|||";
		
	}else{

		$linha .= $newlinha;

	}
}

//====== acaba loop do arquivo

//desconecta banco
mysql_close($conexao);

function getInfo($linha){

	//_____________quebrar entre Nome e Sequencia
	$tmp = explode("|||",$linha);

	//_____________Limpa Sequencia
	$seq = str_replace(" ","",$tmp[1]);
	$return['seq'] = $seq; 

	//_____________Gerar MD5
	$return['md5'] = md5($seq);

	//_____________Limpar Nome
	$return['name'] = str_replace(">","",$tmp[0]);
	
	#print_r($return);
	
	return $return;

}

?>
